Lo siguiente fue un encadenamiento de errores; el bando comunero nombró jefe a Pedro Girón, que instaló su campamento en Villabrágima. Mientras desde el mismo amenazaba a los nobles que aguardaban en Medina de Rioseco, el obispo Acuña hacía naufragar cualquier tipo de conversación con un enviado imperial: fray Antonio de Guevara, humillado, el 28 de noviembre de 1520, en la iglesia de Santa María de Villabrágima.
Entonces aconteció lo peor. Era 5 de diciembre de 1520. El bando carolino, favorecido por la impericia de Girón, entró en tromba en Tordesillas provocando la retirada comunera. A partir de entonces, Valladolid se erigirá en capital radicalizada, tremendamente radicalizada, de la rebelión. Enseguida, Juan de Padilla tomó cartas en el asunto. Al frente de 1.500 hombres, salió de Toledo y entró en Valladolid como si de un mesías se tratara. El recibimiento fue apoteósico. Ubicada la capital comunera en la ciudad del Pisuerga, el ejército de la Junta nombró entonces un nuevo comité de guerra formado por Padilla, Zapata, Pedro de Ayala y Alonso de Saravia.